En la segunda fase de la liguilla, el Valencia se disputa el liderazgo con el Manchester United, con el que demuestra una gran igualdad (ambos empatan en la ida y en la vuelta). En la ida disputada en el Estadio Santiago Bernabéu, el Bayern consigue ganar 0-1 gracias a un solitario gol de Élber en el minuto 51 que sorprende a Iker Casillas; el Bayern resiste el resto del partido las acometidas blancas gracias a una gran labor de Oliver Kahn. Con el trofeo de la Liga de Campeones de la UEFA 2019-20 se convirtió en uno de los jugadores en conseguir dos tripletes en el Bayern de Múnich junto a Javi Martínez, Manuel Neuer Jérôme Boateng y Thomas Müller, entrado en el selecto Club del que formaban parte jugadores como Samuel Eto’o, Xavi Hernández, Andrés Iniesta, Lionel Messi y Gerard Piqué. La Roma al Grupo C, con Bayern y PSG.

En la primera fase de liguilla de la temporada 2000-01, el Valencia domina el Grupo C, integrado también por el Olympique de Lyon, el Olympiacos griego, y los holandeses del Heerenveen. El 6 de julio, solo un mes después de su dimisión, Vicente Soriano asegura ser el portavoz de la empresa uruguaya Inversiones Dalport que desea hacerse con el 50,3% del accionariado del club y evitar así la ampliación de capital. Así, el 27 de abril, en la trigésimoctava jornada, el Vicente Calderón registró un lleno a rebosar. El Bayern formaba con uno de los porteros más en forma del mundo, Oliver Kahn; la defensa quedaba para Samuel Kuffour, Patrik Andersson y Thomas Linke; los franceses Willy Sagnol y Bixente Lizarazu actuaban desde las bandas; el centro del campo formaba con el defensivo Owen Hargreaves, el capitán Stefan Effenberg, y el mediapunta Mehmet Scholl; la delantera quedaba para Hasan Salihamidžić (más retrasado), y para el killer del equipo, Giovane Élber. En la tanda, ambos porteros mostraron su calidad.

En la segunda mitad de la temporada, Empoli logró varias victorias en casa y pudo mantenerse en la división de élite. Cuando apenas habían transcurrido 5 minutos de partido, John Carew bota un centro que intenta ser recogido por Mendieta en el área rival, si bien pronto se encuentra con una maraña de jugadores del Bayern; en mitad de la confrontación por la pelota, el árbitro señala un sorprendente penalti. El Bayern no se amilana y busca la respuesta rápidamente, tanto que pocos minutos después, el árbitro marcó penalti para los bávaros tras un infantil derribo de Angloma sobre Effenberg; Scholl se hizo pequeño ante la portería de Cañizares, el cual adivinó su lanzamiento. El partido se reanudó, y cuando apenas habían transcurrido 5 minutos de reanudación, el árbitro señalaba el tercer penalti de la noche. Tras la media hora de prórroga el árbitro pitó el final, llegándose a los penaltis. Tras el 1-1 final se llegó a la prórroga con gol de oro. Con un marcador global de 4-4, la final se definió en la tanda de tiros penales.

Richardson transformó el penalti, y el Sunderland finalizó la primera parte con ventaja en el marcador. Carew tampoco lo hizo para los chés, que seguían con ventaja. Durante el minuto 80, en el primer córner que se lanzó en todo el partido, Verza fue a poner un centro desde el lateral del área y el guardameta rojiblanco se lo tragó. En la vuelta en Mestalla, el empate se mantiene durante los primeros 75 minutos gracias al conservadurismo de los ingleses y a la falta de acierto del Valencia, hasta que un testarazo de John Carew a centro del lateral Jocelyn Angloma da la victoria y el pase a los valencianos gracias al valor doble de los goles fuera de casa. Hitzfeld retiró a Sagnol, que había estado desaparecido durante el partido, para que ingresara un auténtico delantero «tanque»: Carsten Jancker. Élber había botado un balón al área que fue peleado por Jancker y Carboni; el primero derribó al segundo en el salto, que tocó el balón con la mano. En la vuelta, como una premonición, el Bayern se lanza al ataque desde el principio con dos ocasiones que tienen que ser salvadas por Iker Casillas, hasta que Élber anota el 1-0 en el minuto 8; el conjunto merengue reacciona rápidamente y empata en el 17 con gol de Luís Figo tras gran asistencia de Raúl González Blanco.