En las semifinales el Internacional vencería por 1-0 al Cruzeiro en el partido de ida con una destacada actuación de Guerrero. Posteriormente, pasaría a las filas del Flamengo terminada su participación en la Copa América 2015 con la selección peruana. Gignac hizo su debut oficial con Tigres el 15 de julio de 2015, en un duelo de semifinales de la Copa Libertadores 2015 contra el Internacional de Porto Alegre, que terminó en 1-2 a favor del conjunto brasileño. A continuación, debuta en la Libertadores el 9 de abril ante Palestino, donde anota dos goles clasificando a su equipo de forma anticipada a octavos de final. Culminó el año consagrado por segunda vez consecutiva como el máximo goleador de su equipo en la temporada, anotando 16 goles en 45 partidos. El 12 de mayo, Guerrero generó el primer gol de su equipo luego de un tiro libre que cobró, dicho tiro libre fue aprovechado por uno de sus compañeros para anotar el primer gol del Internacional, a los 56 minutos llegaría el gol de Guerrero y alcanzó los 100 goles en el fútbol Brasileño desde su llegada en 2012, el partido culminó con un marcador de 3-1 a favor del Internacional.
Fue el segundo máximo goleador extranjero en Brasil (solo detrás de Lucas Pratto ) y también fue el máximo goleador de la Primera Liga de Brasil con 3 goles. El 22 de junio, Flamengo venció al Chapecoense por un marcador abultado de 5-1, válido para el Brasileirao, en este partido Guerrero anotó sus primeros goles en la competición, siendo la máxima figura del partido al hacer por primera vez un hat-trick para el club, y el cuarto de su carrera, además de los 3 goles, Guerrero también brindó una asistencia. Después de 5 meses sin anotar un gol, Guerrero volvió a marcar para el Flamengo el 27 de enero de 2016, al haber anotado 2 goles en la victoria del Flamengo sobre el Atlético Mineiro por un marcador de 2-0, en un partido válido para la Copa de la Primera Liga. Guerrero comenzó el año haciendo un doblete en la Taça Guanabara, anotando el primer y el tercer gol en la goleada 4-1 del Flamengo contra Boavista por la primera fecha de la fase de grupos del torneo, su compatriota Miguel Trauco también se haría presente para anotar el segundo gol del Mengao. Guerrero debutó en la temporada anotando un gol en su primer partido disputado, su primer gol en el 2020 fue en la victoria del Internacional ante el EC Pelotas por un marcador de 3-1 en la fase de grupos del Campeonato Gaucho.
En el Campeonato Carioca, Flamengo venció con un resultado de 2-1 al Botafogo por la semifinal del campeonato, Guerrero fue la gran figura al hacer un doblete que clasificó al Flamengo a la gran final. El 8 de diciembre, el Internacional se enfrentó al Atlético Mineiro en un importante partido en la última fecha del Brasileirao que definiría su clasificación al Pre-Libertadores, en dicho partido, Guerrero anotó el gol del empate temporal tras un rebote en el área rival, finalmente el Internacional volteó el marcador y ganó por un resultado de 2-1, obteniendo una clasificación a la fase previa de la Copa Libertadores 2020. Paolo Guerrero finalizó el Brasileirao luego de haber anotado 1 gol a Flamengo, 1 gol a Cruzeiro, 1 gol al Avaí, 2 goles al Bahía, 2 goles al Fortaleza, 1 gol a Goias, 1 gol a Botafogo y 1 gol al Atlético Mineiro, de esa manera fue el máximo goleador de su equipo en la Liga, con un total de 10 goles en 24 partidos. El 30 de noviembre, el Internacional de visitante venció al Botafogo en la fecha 36, por un marcador de 1-0 gracias a un gol de Guerrero, el gol llegó a los 84 minutos después de un fuerte remate desde fuera del área que provocó un error del portero Gatito Fernández.
El 27 de noviembre, Paolo le anotó un gol al Goias en la fecha 35, un fuerte remate de cabeza, al minuto 78, permitió anotar el único gol de su equipo en el partido, que culminó en una derrota del Internacional jugando de local por un marcador de 1-2 en contra. El 24 de noviembre, Guerrero tendría una muy destacada actuación ante el Fortaleza Esporte Clube por la fecha 34 del Brasileirao, anotando un doblete que salvó a su equipo de una derrota y rompiendo un récord histórico, convirtiéndose en el segundo máximo goleador extranjero en la historia de la Liga Brasileña, superando al Colombiano Víctor Hugo Aristizábal. En el 68, Luis García transformaba un penalti injusto, ya que Hugo Leal le había robado limpiamente el balón a Mista, consiguiendo el empate para su equipo. Terminó la temporada consagrándose como el máximo goleador del equipo con 20 goles en 41 partidos: 10 goles en el Brasileirao, 1 gol en el Gauchao, 5 goles en la Copa do Brasil y 4 goles en la Copa Libertadores.
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