El 9 de abril, gana al Athletic Club en partido de Liga, consiguiendo Mourinho ser el tercer entrenador con más puntos ganados en sus primeros 31 partidos de Liga con el Madrid. Jesús Gil, en el programa «El Larguero» de la cadena SER arremetió contra los jugadores Carreras, Santi y Otero, insultándolos y descalificándolos por su mala actuación sobre el campo. Hablaron Luis Aragonés, Paolo Futre, Jesús Gil, su hijo Miguel Ángel Gil y Clemente Villaverde. Jesús Gil y el resto de condenados recurrieron al Tribunal Supremo, y mientras tanto, la vida continuó igual: con Gil de Presidente y con un interventor judicial. Se desmarcaba así del resto de clubes de Primera (excepto Madrid y Barcelona, que habían firmando sendos contratos hasta 2008), que pretendían negociar sus contratos de forma conjunta. La falta de ambición de su entrenador, que dejó a su máximo goleador en el banquillo, impidieron que el Atlético gozase de ocasiones claras con las que llevarse el partido y la eliminatoria. Entre 1983 y 1995 ganó el campeonato del equipo alemán en nueve ocasiones. Antes del inicio del partido, el tenor alemán Jonas Kaufmann y el violinista David Garrett interpretaron desde el terreno de juego una versión del himno de la Liga de Campeones de la UEFA realizada por Matt Clifford.

La rivalidad entre ambos equipos esta formalizada como «clásico» desde 1997 cuando el Borussia Dortmund ganó la Liga de Campeones en el Estadio del Bayern de Múnich. En la Copa de España Vodafone, el emparejamiento de cuartos de final volvió a depararles como rival al Sporting, reciente campeón de liga que venía en busca del doblete. Jugarán dos semifinales, y los ganadores de las mismas jugarán una final para definir al equipo que jugará la primera ronda previa. La distancia final con el cuarto clasificado, el Villarreal, terminó siendo de solo cuatro puntos. El Villarreal Club de Fútbol, S. A. D. es un club de fútbol español de la ciudad de Villarreal, en la provincia de Castellón (Comunidad Valenciana), que milita en la Primera División, la máxima competición de fútbol en España. El 13 de marzo de 2003, el Atlético de Madrid presentó su Centenario en la Casa de Correos de la Puerta del Sol, en un acto al que acudieron más de 800 personas. El 14 de febrero de 2003, la Audiencia Nacional dio a conocer la sentencia del «Caso Atlético»: condena a Jesús Gil a dos años de prisión por delito de apropiación indebida, y a un años y seis meses por estafa por simulación de contrato; a Enrique Cerezo, en concepto de cooperador necesario, a un año por apropiación indebida; y a Miguel Ángel Gil Marín, a un año y seis meses por simulación de contrato.

El 3 de enero, Jesús Gil fue intervenido quirúrgicamente para implantarle un marcapasos. Tras esa reunión, Jesús Gil compareció ante los medios pidiendo perdón por sus declaraciones contra los jugadores, y negando los contactos con otros entrenadores. Esa misma noche, en el programa «El Tirachinas» de la cadena Cope, Luis Aragonés anunció que volvería a haber polémica ya que, por parte de la directiva del Club, se podrían haber iniciado contactos con Schuster, entrenador del Xerez. Con La Catedral entregada a sus muchachos, el Athletic conseguía mandar en el luminoso por 2-1, lo que empataría la eliminatoria. Así, Yeste (30 años) dio por terminada su etapa con el Athletic tras más de 10 años en el primer equipo. Tres años más tarde ganó la Champions League venciendo al Bayern Múnich, en una final marcada por un gol del delantero argelino Rabah Madjer. Los ocho campeones de la ruta de los Campeones Nacionales jugaron como locales ante los ocho segundos de la ruta de la UEFA Champions League en eliminatorias a partido único, que decidieron los ocho equipos restantes para octavos de final.

La instalación permite (como muchos otros clubes de alto perfil), que el primer equipo y los equipos juveniles entrenen en el mismo lugar. El club también ha sido catalogado durante algún tiempo como el «Bayern-Dusel» -trad. El 1 de enero de 2003 arrancó el año del Centenario del Atlético de Madrid, durante el que se realizaron diversos actos conmemorativos. Reconocidos por su amplio palmarés tanto a nivel de club como a nivel internacional de selecciones, los jugadores de nacionalidad francesa y croata son los más representados -a excepción de los alemanes- con un total de 14 futbolistas respectivamente, siendo más de 180 los jugadores extranjeros que han defendido la camiseta desde el primer partido oficial del club. Ya en los años anteriores a la guerra, «los bávaros» habían tenido a tres ingleses como entrenadores: Taylor, camiseta bayern munich Hoer y Charles Griffithm -siendo este último el primer entrenador a tiempo completo del club-.